今や高価なフィルムスキャナーは開発がストップしたものも多く、EPSONのフラッドベッドの性能があがってきたので、フィルムをフラッドベッドスキャナーでスキャニングしている人が多いと思います。
キヤノンのスキャナでも、基本的に同じように考えてもらっていいと思います。
・フィルムの設置
フィルムは通常、裏にしてセットするようにホルダーにも指示されています。これはスキャンしたときに表裏が正しく表示されるからという理由でしかありません。
反射原稿、ようするに普通の写真をスキャニングするときには、当然写真面をガラスに向けて置くわけですが、ネガやポジもそれに習う必要は無いと考えます。
実際は、乳剤面がガラス面を向くようにした方が、CCDと乳剤の間にフィルムのベース面が無い分、綺麗にスキャニングできるはずです。ですが、スキャナのピント面は固定されているので、個体差などによっては、ウラにセットした方が奇麗かもしれないし、ベース面を間に入れたほうが、粒状性が軽減されていい感じになる場合もあるでしょう。
これも裏と表を両方試して、そのスキャナ、自分の好みに沿う方法でセットするようにしましょう。
スキャニングしたときに画像が裏返っている場合には、スキャンしたらすぐに左右を反転させる癖をつけましょう。
間違えて裏返ったままプリントしてしまうということもあながち無いことではありませんので注意です。
あと、基本中の基本ですが、スキャナのガラスは綺麗に拭いておきましょう。フィルムもなるべくブロアーでホコリを払っておきましょう。
画像部分(特に乳剤面)には触らないように注意し、側面で持つといいですね。
指紋がつかないように手袋をする人も居ますが、フィルムをすべらせて落としやすいので注意です。私は素手で側面を持つようにしています。
また、スキャナのガラスの曇りに悩まされている人は、荒技ですが、こちらの記事(スキャナの曇り(ガラスの内側))を参考にしてみてください。